پس از سال‌ها پنهان ماندن از دنیای انسان‌ها، برادران لاک‌پشت تصمیم می‌گیرند تا با انجام کارهای قهرمانانه، دل نیویورکی‌ها را به دست آورند و به عنوان نوجوانان عادی پذیرفته شوند. دوست جدیدشان، اپریل او'نیل، به آن‌ها کمک می‌کند تا با یک باند جنایتکار مرموز مقابله کنند، اما آن‌ها به زودی در شرایطی قرار می‌گیرند که یک ارتش از جهش‌یافته‌ها بر سرشان می‌ریزد.