زمانی که یک زن ثروتمند و پسرش در یک حادثه شکار می‌میرند، این کونان ادوگاوا است که باید این پرونده را حل کند. در همین حال، لوپین سوم به دنبال تاج ملکه است که متعلق به خانواده سلطنتی وسپاراند است. وقتی این دو شخصیت افسانه‌ای ملاقات می‌کنند، چه کسی پیروز خواهد شد؟! این داستان با "لوپین سوم در برابر کارآگاه کونان: فیلم" (۲۰۱۳) ادامه می‌یابد.