رهبر تیم راکت جیوانی در منطقه دورافتاده از ناحیه جوتو ميوتو را یافته است و در پی بازپس گیری دوباره ميوتو است در حالی که آش و دوستانش توسط دومینو عضوی جدید در تیم راکت ربوده می شوند و در پی نجات پیکاچو از جسی و جیمز هستند کلون پوکمن نیز گرفته می شوند و به عنوان طعمه برای میو توی استفاده می گردند شرایط به نبردی میان اراده های ميوتو و جیوانی بدل می شود و ميوتو سعی می کند بداند آیا او و کلون ها هدفی در زندگی دارند هرچند که همگی محصول علم هستند